En 1953, Malcolm quitte le magasin de meuble, pour travailler à l'usine de bois et dans l'été 53, est nommé pasteur du Temple Numéro Un de détroit. En 54, Malcolm déménage pour New York, où il devient pasteur du Temple Numéro Douze de Philadelphie puis du Temple Numéro Sept de New York; il commence alors ses prêches dans les rues de Harlem où il avait par le passé séjourner en tant que gangster. Il n'a alors de cesse à recruter de nouveau fidèle musulman, à la sortie des églises chrétienne, dans la rue, Malcolm X fait voire la véritable nature de l'homme blanc et du Dieu des blancs aux noirs hommes et femmes réceptifs aux doctrines d'Elijah Muhammad. Les Musulmans noirs sont disciplinés, il pratique l'Islam, et appliquent ses principes à leur vie quotidienne afin de se détourner des vices que leur offre la société américaine : la drogue, l'alcool, la grossièreté, le mauvais traitement des femmes, l'adultère, le vole, le crime, le mensonge sont des fléaux, dont les noirs sont les plus touchés. L'homme blanc utilise ses drogues pour maintenir l'homme noirs dans l'ignorance de lui-même, et ainsi dans l'esclavage mental. Malcolm fonde alors un nouveau Temple à Springfield, puis à Hartford s'ouvrit le Temple Numéro Quatorze, où il allait prêché tous les jeudi. Malcolm était devenu incontournable au sein de la nation d'Islam (NOI), en 1955, il se rend à Atlanta pour fonder le Temple Numéro Quinze, la NOI touche alors un nombre croissant de noirs de toutes couches sociale et de toutes profession et Malcolm y est pour beaucoup.

La grandissante nation d'Islam, commence alors à inquiéter la haute société blanche américaine, les actions des musulmans noirs sous la direction de Malcolm X, font parler d'elles, la discipline et la parfaite organisation des musulmans augmentent leur popularité chez les noirs, que la prise de conscience d'alors nomme désormais afro-américains. En 1959, Malcolm X fonde le journal de la nation d'Islam : "Muhammad parle". Cette même année, il fonde un nouveau Temple à Los Angeles et voyage en Afrique, où certain pays avaient fait savoir à la nation d'Islam qu'ils appréciaient l'action mené par les musulmans pour la communauté des africains d'Amérique descendant d'esclaves. Les musulmans noirs sont alors montrés par les médias et la société américaine comme des extrémistes qui enseignent la haine.

Elijah Muhammad, réclame un état noir indépendant sur le sol d'amérique, il pense que blancs et noirs ne pourront etre reconnu égaux que si les blancs laissent les noirs fondé leur propres état, contrairement à d'autres leader noirs, Elijah Muhammad ne veux pas l'intégration des noirs dans la société blanche : "égaux mais séparés". Des noirs expriment ouvertement leur désaccord et leur mécontentement avec les idées mises en avant par le nation d'Islam ; les blancs quant à eux sont terrorisés : "C'est là une constante du comportement du Blanc à l'égard du Noir. Chez le Blanc l'autosatisfaction n'a d'égal que sa stupéfaction lorsqu'il découvre que ses victimes ne partagent pas ce sentiment. Tout allait bien en Amérique, pendant des siècles, au temps où ses victimes exploitées, brutalisées, lui donnait du "Oui m'sieur", du "Oui, maître" et jouaient les Oncle Tom. Maintenant c'est différent". Malcolm devient très médiatisé, participe à de nombreuse émission de télévision, et s'exprime lors des grands meeting de la nation d'Islam. La popularité de Malcolm, ne va pas tarder à inquiéter et les autorités du pays et les autres membres de la nation d'Islam craignant que Malcolm ne vole la vedette.

Malcolm dont chacun des propos est abondamment commenté par les journaux ne manque pas d'exprimé son désaccord avec les autres leaders noirs. Malcolm X ne prône pas l'intégration, il veut apprendre aux noirs l'auto-défense face aux agressions et violences des blancs et de sa police. Lors de la grande marche sur Washington, durant laquel le pasteur chrétien Martin Luther King fera un célèbre discours, Malcolm ne manque pas de fustigé cette marche : "Peut-on imaginer pareil spectacle ? Les révolutionnaires en colère, aux pieds nus, et leurs oppresseurs marquaient la mesure ensemble au bord des bassins des jardins publics, dans des parterres de lys, chantaient des hymnes et grattaient leurs guitares en écoutant des discours de bons samaritains. Oui peut-on imaginer pareil spectacle alors que les masses noires d'Amérique vivaient - vivent encore - un cauchemar éveillé ?".

Au début des années 60, la nation d'Islam compte plus de cent Temples, elle est présente dans tous les Etats d'Amérique, et Malcolm est pour beaucoup dans cette réussite. Mais des jalousie se font sentir au seins de la nations à l'égard de Malcolm. Betty s'inquiète quand à leur situation financière, elle veut mettre de l'argent de côté, mais Malcolm ne veut pas paraître comme tirant un profit personnel de l'argent de la nation d'Islam, il convint Betty que si il devait disparaître, la nation s'occuperait d'elle et des filles, il se rendit plus tard compte que cela aurait été une erreurs. Dès 1962, Malcolm n'était même plus cité dans le journal de la nation d'Islam qu'il avait pourtant créer. Alors que les menaces de la part de la société blanche se faisait de plus en plus sentir, d'autre menace émanait de la nation d'Islam elle-même. Des rumeurs concernant Elijah Muhammad selon lesquels ils serait le père de plusieurs enfants illégitimes dont les mères se seraient vues excluent de la NOI, apparaissent aux yeux de Malcolm comme véridique, bien qu'ayant du mal à le croire. Il apprend aussi de la bouche d'autres musulmans excluent que Elijah Muhammad tenait, en privé, des propos contre Malcolm. En avril 63, Malcolm rend visite à Elijah Muhammad, qui se justifie en citant des passages bibliques dans lesquels les prophètes ne sont malgré tout que des hommes, avec leur défauts.

"Je ne craignais pas la mort. La trahison était bien pire". Malcolm se rend vite compte qu'un piège s'est refermé sur lui. Le réconfort de Betty l'aide à surmonté cette épreuve, mais Malcolm est abattu par cette trahison. Il est désormais indésirable au sein de la nation d'Islam. Un proche de Malcolm fut chargé de piégé sa voiture, mais ce dernier trop fidèle ne le put. Il en fit part à Malcolm. désormais la NOI représentait le plus grand danger pour Malcolm. Il décide de rompre totalement les liens avec la nation. Mais il ne peut supporter l'inactivité, il a la lutte dans le sang, il vient du ghetto, et sa vie est consacrée à sortir les noirs de la misère. Il crée alors sa propre organisation. Une organisation regroupant des noirs de toutes religions, il accepte de s'associer à d'autre leader, et désormais il accepte l'aide extérieur des blancs. Il fonde alors une nouvelle Mosquée à New York. Les buts de cette nouvelle organisation sont : "éliminer l'oppression politique, l'exploitation économique et la dégradation sociale dont vingt-deux millions d'Afro-américains sont victimes". C'est alors que Malcolm décide d'effectuer le pèlerinage de la Mecque.

L'expérience spirituelle que représente le pèlerinage à la Mecque fit atteindre à Malcolm un nouveau stade de pensée. Il avait goûté au véritable Islam, à la véritable fraternité, qui le forçait à reconsidéré complètement nombres des pensées et croyances qu'il avait jadis, aux côté d'Elijah Muhammad. Désormais il était persuadé que la vrai pratique de l'Islam pouvait guérir les sociétés du fléau du racisme. Le pèlerinage à la ville Sainte a transformé Malcolm, comme son premier contacte avec l'Islam, en prison, l'avait déjà transformé. Désormais Malcolm Little devenu Malcolm X porte le nom musulman d'El-Hadj Malik El-Shabbazz.

Après un tour par quelques pays d'Afrique, où Malcolm constate encore une fois la réceptivité des africains à son message, il rentre aux USA, accueillit par la presse et par les mêmes problèmes, le même racisme.

En 1965, l'activité de Malcolm et de son organisation continue, Malcolm s'adresse alors à tous les noirs, à tous ceux qui veulent changer la société américaine. Mais la presse continue de le marginaliser comme un extrémiste, un violent qui veut armé les noirs. Plus la pensée de Malcolm s'affinait et s'emplissait de vérité et d'efficacité, plus il devenait un danger pour la société blanche américaine, et pour la nation d'Islam d'Elijah Muhammad.

"Je me réveille tous les matins sachant que j'ai gagné un jour de plus. Je vis comme un mort en sursis". Au début de l'année 65, Malcolm X est prié de quitter le territoire français, où il devait participer à un meeting d'étudiant africain. Il rentre alors à New York le 13 février. Dans le nuit du 14, un incendie d'origine criminel ravage sa maison, lui, Betty (enceinte) et les 4 filles s'en sortiront indemne. Malcolm accuse la NOI, de vouloir sa mort et celle de sa famille. Le dimanche 21 février, Malcolm doit tenir une conférence à la salle de bal de l'Audubon. Sa famille doit y assister. Malcolm avait depuis quelques temps refusé les fouilles à l'entrée des meeting. Il entra dans la salle de bal d'un pas lourd, vers quatorze heures. Il commençait à regretter d'avoir attribué à la NOI l'incendie de sa maison. "Il est arrivé depuis des choses trop importante pour être l'oeuvre des musulmans. Je sais ce qu'il sont capable de faire. Depuis les choses sont allées plus loin, elles les dépassent. Au fond je ne devrai pas prendre la parole aujourd'hui. Je vais essayer de détendre l'atmosphère en disant aux Noirs de ne pas se bagarrer entre eux. Ca fait partie de la manoeuvre du Blanc. Moi je ne me bats contre personne. On n'est pas là pour ça". Le révérant Milton Galamison, qui devait participer au meeting n'arrivait pas. Benjamin X prit la parole pour ouvrir le meeting. Quand Malcolm monta au pupitre, il salua l'assemblée par la salut musulman As Salam Aleikoum. La foule lui répondit. Au 8e rang un homme se leva s'écriant "Otez votre main de ma poche". L'assemblée surprise se retourna. Malcolm demanda aux frères de se calmer. Au premier rang trois hommes se levèrent et déchargèrent leurs armes sur Malcolm X qui s'éfondra sur les chaises derrière lui. L'assemblée plongea à terre. Betty protégea ses filles, puis accouru vers son mari. Malcolm X transporté à l'hôpital était déjà mort.

Du 23 au 26 février, le corps de Malcolm X fut exposé. De nombreux hommes et femmes, noirs, blancs, jaunes, de toutes origines et religions vinrent lui rendre un dernière hommage. Le Cheikh Ahmed Assoun, accomplit les rites funéraires musulmans ; alors qu'Elijah Muhammad de son côté proclamait : "c'est une étoile qui a quitté le droit chemin ! Et celui qui tentera d'étouffer le souffle d'Elijah Muhammad court déjà à sa propre fin !".